期数
站名[1]
大站快车
里程（米）[44]
站间距（米）[44]
换乘[2]
行政区
开通日期
站台设计
开门方向
西延
金安桥
●
0
0
S1线 11号线
石景山区
2018年12月30日
地下岛式站台
左侧
苹果园
●
1438
1438
S1线 1号线
2021年12月31日
地下岛式站台
杨庄
●
2277
839
不適用
2018年12月30日
地下岛式站台
西黄村
●
4069
1792
地下岛式站台
廖公庄
●
5863
1794
海淀区
地下岛式站台
田村
●
8139
2276
地下岛式站台
一期
海淀五路居
●
10279
2140
2012年12月30日
地下西班牙式站台
左侧[3]
慈寿寺
●
11787
1508
10号线
地下岛式站台
左侧
花园桥
●
13218
1431
不適用
地下岛式站台
白石桥南
●
14384
1166
9号线 房山线（跨线车）
地下岛式站台
二里沟
●
15161
777
16号线
海淀区西城区
2023年3月18日[21]
地下侧式站台
右侧
车公庄西
●
16048
888
不適用
西城区
2012年12月30日
地下岛式站台
左侧
车公庄
●
16935
887
2号线 13号线（A）
地下分离式岛式站台
平安里
●
18378
1443
4号线 19号线
地下岛式站台
北海北
●
19699
1321
不適用
地下岛式站台
南锣鼓巷
●
21048
1349
8号线
东城区
地下叠落侧式站台
左侧（往潞城）右侧（往金安桥）
东四
●
22985
1937
5号线
地下岛式站台
左侧
朝阳门
●
24384
1399
2号线
东城区朝阳区
地下岛式站台
东大桥
●
26052
1668
17号线 平谷线 28号线
朝阳区
地下岛式站台
呼家楼
●
26897
845
10号线
地下侧式站台
右侧
金台路
●
28347
1450
14号线
地下岛式站台
左侧
十里堡
●
30383
2036
不適用
地下岛式站台
青年路
●
31665
1282
地下岛式站台
褡裢坡
｜
35664
3999
地下岛式站台
黄渠
｜
36902
1238
地下岛式站台
常营
｜
38756
1854
地下双岛式站台
左侧（快车[錨點失效]）（临时停车）右侧（慢车）（临时停车）
草房
｜
40161
1405
地下岛式站台
左侧
二期
物资学院路
｜
42276
2115
通州区
2014年12月28日
地下岛式站台
通州北关
｜
44833
2557
平谷线
地下岛式站台
通运门
｜
46301
1468
不適用
预计2026年[45]
地下双岛式站台
左侧（快车[錨點失效]）（临时停车）右侧（慢车）（临时停车）
北运河西
｜
47844
1543
2014年12月28日
地下岛式站台
左侧
北运河东
｜
49443
1599
平谷线 M101线城市副中心线 北京城市副中心站
2018年12月30日
地下岛式站台
郝家府
●
50372
929
不適用
2014年12月28日
地下岛式站台
东夏园
●
51718
1346
地下岛式站台
潞城
●
52912
1194
地下岛式站台
二期南延段
潞阳
54978
2066[28]
预计2025年[46]
地下岛式站台
注释
1 斜体标示的车站尚未启用。2 斜体标示的换乘尚未启用。3 海淀五路居站在西延开通之前为左侧上车、右侧下车，6号线西延段开通后仅保留岛式站台用作上下客，而原有两个侧式站台被关闭。
南锣鼓巷站的换乘通道直接连接两线站台，中间不经过楼梯。
换乘站
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现时6号线有换乘车站12座。
一期及二期工程中与同期建设的新线换乘的车站有换乘10号线的慈寿寺站和换乘9号线的白石桥南站，两座车站均是共用站厅，并通过站台之间的楼梯相连[47][48][49]，
金台路站与14号线换乘时，应客流安排需要，6号线换乘14号线可以直接经站台通道下楼，而14号线换乘6号线需要绕行站厅通道。
南锣鼓巷站与8号线换乘，出于文物保护需求，两座车站均是叠落式车站，中间通过通道相连，实现同站台换乘[10]。
与既有线路的换乘站有2号线的车公庄站、朝阳门站，4号线的平安里站，5号线的东四站，10号线的呼家楼站等，这几座车站均是通过通道连接[50][51]，其中呼家楼站设置了多达8条换乘通道以防止客流冲击[52]。
在西延部分，苹果园站可换乘S1线，终点站金安桥站可与S1线及11号线换乘。
二里沟站受周边建筑一体化建设所限，曾作为预留车站，于2023年3月18日与16号线一同开通，采用站台联络通道换乘。但是因车站结构过于复杂，在投入运营初期经常有乘客在此站迷失方向。[53]
车站建筑和室内设计
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6号线在运河商务区核心区的三站（通州北关、通运门、北运河西站）使用了中庭式设计，首次在北京地铁车站中引入了中庭的空间形式。其中，通运门站为实现快慢车运行模式而采用了双岛式站台，因而成为了国内首个轨行区敞开的中庭式车站；而北运河西站直接设置在商业地块内，利用上方步行广场和绿地设置了天窗，为北京地铁首个设置天窗的车站。与国内其他设置中庭式车站的城市相比，北京的消防设计标准较高，为此这三座车站专门进行了消防性能化设计。[54][55]
北海北站的重檐飞椽。
北京地铁6号线一期的室内设计理念为“京城连廊”，突出线路串联内城、CBD、金融街、东部居住区等大量城市区域的特色。各个车站均以不同颜色的砖进行装饰，同时又有各自的特色。
一期线路的西段（海淀五路居至车公庄西）多为20世纪50年代至80年代建设的红砖建筑，因此车站内部也采用红色的砖饰面；中段（车公庄至朝阳门）穿过老北京城，地上建筑多为灰砖房屋，因而车站内部也采用灰色的砖饰面；东段（东大桥至草房）是1990年代后快速发展起来的新兴都市区，采用彩色的砖饰面。[56][57]
6号线一期设置了多个装修重点站，其装修风格又各自不同。车公庄西站由于临近1950年代建设的苏联式建筑——北京展览馆，车站内部采用大量拱顶设计，模仿莫斯科地铁的车站风格；北海北站临近皇家园林，因而采用绿琉璃色的重檐飞椽，体现皇家园林的气派；南锣鼓巷站临近四合院区，因而也仿照四合院的建筑风格进行装饰；东四站采用接近原木颜色的梁柱装饰，暗示牌楼；朝阳门站结合车站结构，在站厅内布置倒“U”型的“门”，包含朝阳门历史上曾是漕运粮食进京的城门的寓意[58]。
6号线二期由于贯穿通州北运河两岸，故在三座中庭式车站外，其余的四座车站以大运河为主题，选用了四种不同的颜色作为主题，代表大运河所经过的四大流域。