十三翼之戰與札木合決裂
鐵木真與札木合原以兄弟相稱，互相幫助。但當鐵木真力量強大後，卻引起札木合的嫉妒與怨恨。當札木合的弟弟因盜馬被鐵木真的部下殺死時，札木合便以此為借口，迅速糾集泰赤烏等13個部落，與鐵木真率領的十三翼人馬交戰，兩位「安答」從此決裂。這場「十三翼之戰」是鐵木真獨立指揮的第一次戰役。雖然這場戰爭以鐵木真失敗告終，但由於札木合殘忍地烹殺俘虜，引起了部眾不滿。一些原與鐵木真為敵的部落貴族紛紛投奔鐵木真。十三翼之戰中鐵木真雖然戰敗，但力量反而強大起來。
翦除東部仇敵
塔塔兒部與乞顏部是世代為敵的部落，而泰赤烏部又與鐵木真夙怨極深，故鐵木真回復乞顏部地位後的首要任務是殲滅這兩大仇敵。在克烈部的支援下，鐵木真聯合金朝共同消滅了塔塔兒部。這一勝利，不僅使他在蒙古部落中贏得了為父親復仇的美譽，同時也得到了金國的封賞，提高了自己的政治地位。鐵木真又消滅了泰赤烏部，把世仇全部除去。他消滅東部的兩大敵對部落，不僅進一步增強了自己的威望，更使他獲得了水草充足的呼倫貝爾草原，成為日後連年征戰的重要資本，為統一蒙古草原奠定了堅實的經濟基礎。
滅中部克烈部
鐵木真勢力壯大與克烈部的支持是分不開的。但當鐵木真力量進一步強大時，卻引起克烈部首領脫里汗父子的恐懼。另外，鐵木真也由於長子朮赤向脫里汗求婚被拒，感到十分不滿。1203年，脫里汗父子在札木合的挑撥下，計劃設宴殺害鐵木真，但陰謀不慎敗露，結果雙方發生大戰，鐵木真戰敗退走，但他並沒有氣餒，整頓軍馬準備再戰。其後，他得知克烈部內部分裂，便乘機運用詐降戰術，派騎兵奔襲脫里汗大營，成功消滅克烈部。至此，除了西面的乃蠻部外，鐵木真已大致掃滅了草原上的群雄，統一蒙古草原的時機亦已成熟。